اما این امر از جهاتی به اصلاح ساختار سنتی بخش ریلی نیز وابسته است. از یک منظر با سرعت گرفتن مقوله خصوصی‌سازی لازم است نقش حاکمیتی دولت که از یکسو به‌عنوان سیاست‌گذار و تنظیم‌کننده قوانین و مقررات است، از نقش عملیاتی دولت که وظیفه مدیریت و نگهداری از شبکه ریلی و توزیع عادلانه ظرفیت شبکه بین شرکت‌های خصوصی حمل و نقل را بر عهده دارد، تفکیک شود. در غیر این صورت تضاد منافع بین دولت و بخش خصوصی مانع از تحقق برنامه‌های توسعه می‌شود، همان‌طور که طی دهه اخیر چنین شد. در این شرایط لازم است در طراحی مجدد ساختار حمل و نقل ریلی نقش جدیدی به‌عنوان رگولاتور اقتصادی که بهتر است مستقل از دولت و بخش خصوصی باشد و وظیفه تنظیم‌گری قوانین، مقررات و نظارت بر تعاملات دولت و بخش خصوصی را بر عهده خواهد داشت، تعریف شود. به این ترتیب یکی از حلقه مفقوده‌های ساختار خصوصی‌سازی بخش ریلی طی بیش از 10 سال اخیر به زنجیره تعاملات بخش اضافه خواهد شد.
از سوی دیگر، در صورت اصلاح ساختار بخش ریلی، مساله ایمنی حمل‌ونقل نیز به جد مورد توجه قرار خواهد گرفت. همان‌طور که وجود رگولاتور اقتصادی وظیفه تسهیل‌گری تعاملات و تنظیم‌کنندگی مقررات حاکم را بین ذی‌نفعان بخش بر عهده می‌گیرد، لازم است در ساختار جدید حمل و نقل ریلی موضوع رگولاتور ایمنی هم مورد توجه قرار گیرد. همان‌طور که قبلا هم گفته شد در ساختار موجود تمامی نقش‌های سیاست‌گذاری، تدوین مقررات سیر و ایمنی و نهایتا عملیات اجرایی در یک مجموعه به‌نام شرکت راه‌آهن صورت می‌گیرد. این موضوع دغدغه تداخل وظایف سیاست‌گذاری با اجرا را در عمل به‌وجود می‌آورد، به نحوی که ممکن است مدیریت بخش به دلیل الزام به پاسخگویی عملکرد بار و مسافر به مقامات کشور عوامل اجرایی را ملزم به عدم رعایت مقررات سیر و حرکت و ایمنی کرده که این امر به مرور باعث لوث شدن مقررات شده و می‌تواند ریسک بروز سوانح را افزایش دهد. اصلاح ساختار ریلی باید به نحوی صورت گیرد که نقش رگولاتور ایمنی خارج از سازمان اجرایی عملیات حمل و نقل تعریف و از اختیارات لازم برای برخورد با موارد مغایر با موازین ایمنی برخوردار باشد. به این ترتیب دومین حلقه مفقوده ساختار بخش ریلی پس از خصوصی‌سازی تاسیس رگولاتور ایمنی خارج از ساختار مدیریت شبکه و البته تحت مدیریت نهادی که وظایف سیاست‌گذاری و تنظیم‌گری بخش را از سوی حاکمیت بر عهده دارد، است. به نظر می‌رسد حرکت رو به رشد حمل و نقل ریلی که طی سالیان اخیر آغاز شده و در ادامه نیز تغییرات اساسی در نوع و چگونگی به‌کارگیری فناوری‌های جدید از جمله قطارهای سریع را به دنبال خواهد داشت، مستلزم تغییراتی اساسی در ساختار بخش ریلی و رویه‌ها و فرآیندهای عملیاتی آن خواهد بود که در غیر این صورت نمی‌توانیم با حفظ ساختار تمام دولتی و ناکارآی گذشته انتظار توسعه فراگیر و پایدار بخش ریلی را داشته باشیم.